L'Istituto nasce come Comprensivo "Crema Tre" nell'anno scolastico 2013/2014 dalla fusione di cinque plessi scolastici provenienti da tre Istituti diversi e situati tutti nel Comune di Crema: la Scuola dell'Infanzia "Braguti" e la Primaria "Braguti" dalla Direzione Didattica "Crema Due", la Scuola dell'Infanzia "Curtatone Montanara" e la Primaria "Crema Nuova" dalla Direzione Didattica "Crema Uno", la Scuola Secondaria "A. Galmozzi".

La Scuola Secondaria di Primo "A. Galmozzi" grado diventa a Orientamento Musicale con la nascita dell’Istituto Comprensivo, prima con quattro strumenti (clarinetto, pianoforte, chitarra, percussioni) e qualche anno dopo con cinque: l'Istituto, infatti, come consentito dalla normativa sull'autonomia scolastica, ha aggiunto lo studio del flauto traverso, utilizzando in modo curricolare la cattedra di potenziamento di flauto per creare un indirizzo musicale-strumentale sperimentale con la particolarità di avere cinque strumenti invece dei quattro previsti secondo l'ordinamento. Anche il corso di flauto attivato a Crema presso la Secondaria "A. Galmozzi", quindi, è istituzionale e riconosciuto a tutti gli effetti, con rilascio del relativo titolo di studio al termine degli Esami di Stato. 

L'Istituto viene intitolato alla figura di Nelson Mandela per evidenziarne la vocazione principale, l'inclusività.

A partire dall'a.s. 2029/2020, sono state istituite sezioni/classi ad indirizzo 'montessoriano' sia all'Infanzia "Curtatone Montanara" che nelle Primarie "Braguti" e "Crema Nuova". Le sezioni 'montessorane' attivate all'Infanzia "Curtatone" sono tre sulle quattro funzionanti in questo plesso. Per la Primaria, dall'a.s. 2024/25 sarà completato un intero ciclo quinquennale 'montessoriano'. Nelle due Primarie Braguti e Crema Nuova è quindi attivo, grazie all'autonomia scolastica, un ‘curricolo integrato' a classi aperte e flessibili con unione di entrambi i plessi e in continuità con la Secondaria Galmozzi: frequenza dalla prima alla terza per tutte le classi di entrambe le Primarie presso la sede Braguti; prosecuzione in quarta, quinta e di alcune classi prime della secondaria Galmozzi presso la sede di Crema Nuova; l'attivazione, ogni anno, di massimo 4 classi prime Braguti + Crema Nuova, delle quali almeno una ‘Montessori’, a classi aperte ha permesso di creare classi equilibrate ed eterogenee, con gruppi misti e flessibili provenienti da entrambi i plessi e con utilizzo congiunto e valorizzazione dei complessi edilizi di entrambe le Primarie.